В чем же назначение этих разнообразных фигур и геоглифов? Если рассматрисать всю совокупность Линий Наска, то может показаться, что они наугад разбросаны по пустынной равнине, где полосы и контуры накладываются и пересекаются непонятно зачем. Местами геоглифы частично уничтожены огромными клинообразными полосами. Далее, имеется заметный контраст между некоторыми тщательно выписанными рисунками и другими, сделанными кое-как. Но что еще более поразительно, так это то, что многие изображения настолько велики, что их можно видеть только сверху, с высоты 1000 футов (330 м)! Для кого же предназначались эти знаки?
В 1969 году Эрих фон Дэникен высказал идею, что это были знаки для взлетных площадок летательных аппаратов инопланетян. Но эта интересная гипотеза натолкнулась на ряд трудностей. Во-первых, было отмечено, что почва там недостаточно тверда, чтобы выдерживать постоянные посадки тяжелых воздушных аппаратов. 
Во-вторых, почему эти инопланетяне не придумали чего-нибудь более хитроумное? В-третьих, некоторые полосы слишком узки — всего 3 фута (1 м) шириной. Наконец, фон Дэникен не сумел объяснить смысл или роль животных геоглифов.
Самый главный специалист по Линиям Наска, несомненно, немецкий математик Мария Райхе, посвятившая более 50 лет своей жизни изучению и сохранению линий. Райхе возглавила кампанию по дискредитации теории фон Дэникена об инопланетянах, утверждая, что линии были созданы индейцами Наска сравнительно недавно — между 300-ми годами до РХ и 800-ми годами нашего времени. В подкрепление этой версии некоторые ученые выдвигали хитроумные идеи насчет того, каким образом теоретически можно было рисовать геоглифы с земли. Другие попытались связать линии с культурой местного населения. Но ни одна из этих версий не выдерживает более тщательной проверки.