Как мы уже говорили в главе 1, в эпической поэме «Атрахасис», говорится, что библейский «бог» был в действительности не «единым Богом», а «многими богами». Далее, в этом повествовании, подробно изложенном на табличках, говорится, что «они эти боги» не насылали Потоп намеренно. В действительности на совете богов было принято решение, что от людей следует держать в тайне приближение Потопа, который боги были не в состоянии предотвратить.
Роль богов в месопотамских легендах о Потопе полностью совпадает с такими же повествованиями в других регионах. Энлиль — библейский Господь, которому надоели люди, хотел, чтобы они были уничтожены. Его брат — Энки, который сам непосредственно принимал участие в создании первого Адама. (работника LU.LU), относился к людям доброжелательно и обычно выступал против Энлиля. 
Хотя Энки и заставили дать клятву, что он не нарушит тайну, он решил предупредить одного своего верного человека и его семью о приближении Потопа. Этот его избранник был священнослужителем из города Шуруппак (города сестры Энки — Нинхурсаг). Его имя на аккадском языке произносилось как Атрахасис, что в переводе означает «Очень умный». Стоит отметить, что точно такое же значение имело имя Утнапишти — главного героя другого сказания о Потопе — «Эпической поэмы о Гильгамеше».
Бог Энки, известный также под именем Эа, говорил с Атрахасисом из-за завесы из тростника — эта деталь содержится также в первоначальном шумерском тексте, в котором героя легенды зовут ZI.U.SUD.RA. Эа дает подробные указания о том, как построить подводное судно. В «Поэме о Гильгамеше» содержится живое и драматическое описание последних приготовлений, и герою ведено наблюдать за отъездом самих богов: