Хотя конфигурация Большой галереи, возможно, также способствовала созданию условий для образования водорода под высоким давлением, имеются некоторые иные ее особенности, не поддающиеся объяснению — такие, например, как странное уступчатое сечение галереи и ее загадочные ниши.
Одна пара таких ниш находится наверху галереи, у большого порога. Таким образом, эти ниши расположены в непосредственной близости от центральной плоскости пирамиды, непосредственно под ее вершиной. Из этой пары одна ниша — восточная — находится над нишей камеры царицы, или камерой водного топлива, примерно на середине ее глубины, но слегка в стороне от центра. Таким образом, она скорее всего имела отношение к подаче электронных импульсов для стимулирования процесса разложения воды.
Что же касается западной ниши большого порога, то она находится точно над небольшой выемкой в западной стене малой подземной камеры (сразу же за большой подземной камерой в основании пирамиды).
Ниже большого порога в Большой галерее имеется еще 27 пар ниш, прорезанных вертикально в ее стенах. Каждая такая ниша представляет собой углубление шириной в 6 дюймов (15 см), глубиной — 10 дюймов (25,4 см) и длиной в 20,6 дюйма (52 см). Над каждой нишей сделаны крестообразные выбоины — вертикальная выемка пересекается наклонным желобом, параллельным нижнему уклону пола. Эти желобки означают, что некогда здесь висели какие-то предметы, которые затем были сорваны со стены. Как мы знаем из месопотамских текстов, это сделал Нинурта.